Giardia is een parasiet die we een flagellaat noemen. Dit zijn ééncellige parasieten met een soort van zweeparmpjes (flagellen) waarmee voortbewogen wordt. Honden worden met Giardia besmet door inname van een zogenaamde oöcyst. Dit is een soort eitje waarin 2 Giardia parasieten zitten. Nadat een hond hiermee besmet is geraakt lost de wand op en komen er 2 Giardia parasieten vrij in de darm. Een besmette hond zal Giardia uitscheiden via zogenaamde trophozoieten, welke uit twee Giardia parasieten bestaat.
Na enige tijd in de buitenwereld te zijn geweest vormen deze trophozoieten een dikke wand en worden ze een oöcyst. Deze oöcysten kunnen meerdere maanden in de buitenwereld overleven. Honden kunnen besmet worden via contact met besmette ontlasting, bijvoorbeeld op grasvelden of op andere plaatsen waar honden hun behoefte doen.
Honden en katten kunnen zich dus besmetten met Giardia met name door indirect contact met ontlasting van andere dieren, bijvoorbeeld op grasvelden en wegen.